1. Центар за промоцију здравља
1.1. Одсек за промоцију здравља у заједници
1.2. Одсек за здравствену едукацију
1.3. Одсек за промоцију правилне исхране

2. Центар за анализу, планирање и организацију здравствене заштите
2.1. Одсек  за  анализу, планирање и организацију здравствене заштите
2.2. Одсек за квалитет и економику у здравству

3. Центар за информатику и биостатистику у здравству
3.1. Одсек за биостатистику и анализу здравствених показатеља
3.2. Одсек за статистику здравствене службе
3.3. Одсек за здравствену информатику

4. Центар за контролу и превенцију болести
4.1.  Одсек за контролу и превенцију незаразних болести  
4.2.  Одсек за цревне заразне болести и здравствени надзор
4.3. Одсек за респираторне заразне болести,  оперативну евиденцију и епидемиолошку  биостатистику
4.4.  Одсек за превенцију хоспиталних инфекција и клиничку епидемиологију
4.5.  Одсек за векторске заразне болести , зоонозе и ДДД послове
4.6.  Одсек за спречавање и сузбијање полнопреносивих инфекције и хепатите
4.7.  Одсек за имунопрофилаксу 

5. Центар за хигијену и хуману екологију
5.1. Служба за здравствену исправност намирница. у оквиру које се организују:
- Одељење за санитарну микробиологију
- Одељење за санитарну хемију
- Одељење за санитарну хигијену
5.2. Одељење за хуману екологију и
5.3. Одсек за пријем узорака и издавање резултата

6. Центар за микробиологију
6.1 Служба за  бактериологију, у оквиру које се образују лабораторије:
- лабораторија за копрокултуре
- лабораторија  за уринокултуре
- лабораторија за пиокултуре
- лабораторија за полно преносиве болести
- лабораторија  за инфекције респираторног тракта
- лабораторија  за антибиограме
- лабораторија за контролу стерилности
- лабораторија за имунодијагностику бактеријских инфекција
  
6.2  Служба за  паразитологију и микологију у оквиру које се образују лабораторије:
- лабораторија за паразитологију
- лабораторија   за микологију
- лабораторија   за имунодијагностику паразита и гљива

6.3. Служба  за вирусологију у оквиру које се образују лабораторије:
- лабораторија за вирусне хепатите
- лабораторија за ХИВ/АИДС
-лабораторија за респираторне инфекције
- лабораторија за гастроинтестиналне инфекције
- лабораторија за полно преносиве и перинаталне инфекције

Одељење за пријем материјала
Одељење за припрему хранљивих подлога и стерилизацију

7. Служба за правне, економско-финансијске, техничке и друге сличне послове
7.1. Одељење за правне и кадровске послове, опште послове и нормативну делатност, безбедност и здравље на раду
7.2. Одељење за финансијску оперативу, књиговодство и фактурисање
7.3. Одсек за техничке и друге сличне послове
7.4. Одсек за кваслитет и набавку
7.5. Одсек за наставу и научноистраживачки рад